事業承継税制はメリットの多い税制ですが、いくつかのデメリットもあるので注意が必要です。

［メリット］
・事業承継にかかる税金が大幅に猶予・免除される
猶予された税額は後継者の相続発生など、一定の事由が発生することで免除され、将来的に対象株式の贈与税・相続税の負担がゼロになります。

・納付予定だった税金を事業資金に回せる
贈与・相続に伴う現金を準備する必要がなく、事業資金に回すことができます。


［デメリット］
・毎年（または３年に１回）の届け出を忘れると猶予が終了する
最初の５年経過後は継続届け出の提出が３年に１回になるため、失念してしまった場合は猶予期間は終了となり納税が確定されます。
専門家に依頼している場合は別として、大半を自身で行う際は注意が必要です。

・取消し事由に該当すると税額＋利子が発生する
無事事業承継税制が開始したとしても、取消し事由に該当すると、これまで猶予されていた贈与税や相続税に加えて利子税も支払わなくてはいけなくなります。
ただし業績悪化などで事業売却・廃業した場合においては、業績悪化後の自社株評価額により再計算されるため、税負担としては軽減することができます。

・専門家の知識が必要
複雑な制度の上自部手続きや準備する書類も煩雑なため、また特例措置の「特例承継計画の提出」においては専門家のサポートが必須になっているため、継続的に依頼をしないといけません。